Este proyecto ha sido crítica y tema de numerosas teorias de conspiración; acusado de ocultar su verdadero propósito. El periodista Sharon Weinberger llamó al HAARP; “el Moby Dick de las conspiraciones”. El informático escéptico David Naiditch denominó a este como “un imán de teorías”, ya que ha sido culpado por accionar catástrofes tales como inundaciones, sequías, huracanes, tormentas, y terremotos devastadores en Afganistán y las Filipinas dirigido a la agitación de terroristas. Naiditch también acusó de diversos acontecimientos incluyendo los fallos eléctricos importantes del TWA vuelo 800, el síndrome del Golfo, entre otros. Los teóricos de la conspiración también han sugerido vínculos entre el HAARP y el trabajo de Nikola Tesla (particularmente en combinaciones potenciales de energía en el trabajo de Tesla sobre la generación reducida escala de terremotos en un neumático) y el físico Bernard Eastlund. Según Naiditch, HAARP es un blanco atractivo para los teórico de la conspiración porque “su finalidad parece enigmática para los científicos desinformados”.

Estos mismos han planteado la posibilidad que el HAARP pudo haber desempeñado un papel devastador en los terremotos ocurridos en Sichuan (China) en 2008 y Haití y Chile en 2010. Así mismo se presume que pudo haber causado el desorden mental que llevo al “Inca” Edwin Valero al suicidio. Un artículo de opinión en la televisión pública, venezolana especificamente del presidente Hugo Chavez (Actual presidente de la Republica) y su sitio web culpó al HAARP como causa del terremoto del 2010 en Haití, además el de Chile y tambien el de Mexico-California. Aunque en esos paises los sismos y terremotos son muy comunes, eso tambien incluye los demas paises en los cuales los movimientos teluricos se han dado.